此外，王阳明还上疏，要求严明赏罚以激励人心。他在上疏中写道：

所领兵众，有退缩不用命者，许领兵官军前以军法从事。领兵官不用命者，许总统官军前以军法从事。所领兵众，有对敌擒斩功次，或赴敌阵亡，从实具报，覆实奏闻，升赏如制。若生擒贼徒，问明即押赴市曹，斩之以徇，庶使人知警畏，亦可比于令典决不待时者。如此，则赏罚既明，人心激励。盗起即得扑灭，粮饷可省，事功可建。

卷查三省贼盗，二三年前，总计不过三千有余。今据各府州县兵备守备等官所报，已将数万，盖已不啻十倍于前。臣尝深求其故，寻诸官僚，访诸父老，采诸道路，验诸田野，皆以为盗贼之日滋，由于招抚之太滥。招抚之太滥，由于兵力之不足。兵力之不足，由于赏罚之不行。

另外，王阳明还请求朝廷授予他令旗令牌。他在上疏中说：

假臣等令旗令牌，便宜行事。如是而兵有不精，贼有不灭，臣等亦无以逃其死矣！

在上疏中，王阳明还建议划南靖县和漳浦县的部分地区组成一个新的县，将县城设在大洋坡，并在县内设立巡检司，以便加强对这一地区的管理，永绝匪患。王阳明的知己兵部尚书王琼同意了先生的所有建议，并上奏请明武宗为新县命名。明武宗赐名为清平县。

此外，朝廷还将王阳明的职务从巡抚改为提督，统领各省军务，并授给他令旗和令牌，允许他便宜行事。朝廷念及他平定漳南之贼有功，将其俸禄加升一级。从此，王阳明更加注重镇抚的策略，施展起谋略来更是得心应手。

王阳明在平定诸贼之后，觉得“河头者，诸巢之咽喉。枋头者，河头之唇齿”，于是建议增设平和县，将县衙设在河头，把原先设在河头的巡检司移到枋头。

此外，王阳明还上疏请求疏通盐法，调整南赣的商税，加强教化。这样一来，趋善的百姓越来越多。王阳明在剿匪的过程中，文德为先，武威为后的思想始终未曾改变过。